《秘密花园》的结局是温暖的团圆：玛丽和柯林在花园中逐渐恢复活力，柯林学会走路；长期逃避伤痛的父亲阿奇博尔德回到庄园，亲眼看见儿子健康地站在花园里，父子由此重新靠近。小说写的并不只是花园复苏，也写了几个孤独的人如何在陪伴与自然中走出悲伤。
故事从玛丽来到庄园开始
玛丽原本生活在印度，父母去世后，被送到英国约克郡的米塞斯韦特庄园，寄住在舅舅阿奇博尔德·克雷文家中。她从前被仆人照料，性情任性，也很少得到真正的关心。到了庄园，她常独自活动，偶然从女仆玛莎那里听说一座被封闭多年的花园。
玛丽在知更鸟的引领下找到花园的钥匙，和迪肯一起清理杂草、照料花木。迪肯是玛莎的弟弟，亲近动物，也熟悉户外生活。随着花园一点点恢复生机，玛丽开始主动做事，身体和脾气也发生变化。
玛丽与柯林如何改变彼此
玛丽后来发现，庄园里还有一个被藏在房间中的男孩柯林，他是阿奇博尔德的儿子。柯林长期被当作病人照顾，害怕自己活不长，也因父亲常年不在身边而孤独、暴躁。玛丽不再顺着他的恐惧说话，而是带他接触花园和户外生活；迪肯也加入进来，陪柯林观察植物、练习活动。
柯林的好转不是突然发生的奇迹，而是由持续的陪伴、运动和信心一点点累积起来。他开始相信自己能够站立，偷偷练习走路，并把进步当作惊喜留给父亲。与此同时，玛丽也从只关注自己，变得愿意关心他人。
结局：父亲归来，花园迎来团圆
阿奇博尔德一直沉浸在妻子去世的悲痛中，离开庄园四处旅行。收到苏珊·索沃比的劝说后，他决定回家。回到庄园时，他听见花园里传来孩子们的声音，走近后看见柯林已经能够自己行走。柯林走向父亲，阿奇博尔德终于看到儿子健康、有活力的模样，两人一同回到庄园。
因此，结局的核心不只是柯林能够走路，还包括父子关系重新连接。秘密花园从封闭荒芜变得繁盛，映照着阿奇博尔德逐渐走出丧妻之痛，也象征玛丽和柯林从孤独、恐惧中恢复。小说借花园的变化，把自然、友谊与家庭和解连成一条成长线索。