人、狗和猪的DNA都由A、T、C、G四种碱基组成，不能靠颜色、气味或肉眼观察判断物种；区分依据是各物种在特定DNA片段上的序列差异。实验室通常先记录和处理样本，再用物种特异性检测或测序比对确认。若样本来源不明，单凭“像是毛发、唾液或肉组织”只能提供线索，不能代替DNA结果。
开始前：确认样本条件并准备对照
这套流程适用于已经取得、且允许检测的生物样本，例如毛发根部、口腔拭子、血液、组织或肉类。先给每份样本编唯一编号，记录采集部位、时间、保存方式及可能的混样情况；人源样本应取得相应授权，并按实验室规范保护个人信息。
准备与样本类型匹配的DNA提取试剂、无菌耗材、移液器、PCR设备及经验证的人、狗、猪物种鉴定检测方案。操作时把样本处理与扩增产物处理分开：在样本前处理区提取DNA，在PCR配制区加入试剂，在扩增后区域处理产物，避免扩增片段污染新样本。每批至少设置提取空白、无模板对照，以及人、狗、猪的阳性对照；没有合适对照，就难以判断结果是否可信。
第一步：在样本前处理区提取DNA
根据样本类型选择对应的提取流程：口腔拭子、血液、毛发根部和肉组织的处理方式并不相同，不能把同一套操作机械套用到所有材料。依照试剂盒说明完成裂解、去除杂质和DNA回收，再将提取液标记为样本编号，留取少量用于后续检测。
同时处理提取空白——它不加入生物样本，但经过相同的提取步骤。若空白后续检出人、狗或猪的目标信号，说明提取过程中可能发生污染，本批样本不能直接据此下结论。样本DNA量低或已经降解时，也可能出现检测不到信号的情况。
第二步：在PCR配制区检测物种特异性片段
选用能够区分人、狗和猪的经验证检测体系，按方案分别检测三类目标；也可以使用能覆盖多种物种的标记片段，再依靠后续序列判读。常见思路是检测具有物种差异的线粒体或核DNA区域，具体标记和引物须与样本类型及检测方案匹配，不能仅凭某个片段名称就认定其一定具有区分能力。
将样本DNA、对应检测试剂和各类对照分别加入反应体系，按检测方案完成扩增，再依照该方案查看荧光信号或电泳条带。条带大小和判读阈值因检测体系而异，应与该方案规定的预期结果比较，不能把“出现一条带”直接等同于某个物种。
- 阳性对照出现预期信号，表示相应检测反应正常；若阳性对照失败，本次检测无效。
- 无模板对照和提取空白不应出现目标信号；若出现信号，应先排查污染并重做相关步骤。
- 样本只在一个物种靶标上出现符合要求的信号，且对照均正常，可作为该物种的初步证据；信号不清晰或多个靶标同时阳性时，应进一步测序或复核。
第三步：对扩增片段测序并与参考序列比对
如果需要更直接地核对物种来源，可对合格的目标片段测序。先检查并修剪低质量读段和引物序列，再把样本序列与人、狗、猪的参考序列进行比对，重点查看多个具有区分力的碱基位点是否一致。判读时应同时考虑序列质量、有效覆盖范围、检测对照和所用标记的适用性，不能只看一个相似度数字或软件给出的单一名称。
如果样本可能混有多种来源，常规单片段测序可能出现混合信号，无法清楚拆分各物种。此时可使用针对各物种的特异性检测，或采用适合混合样本的测序方案复核。出现“人、狗、猪靶标均未检出”时，结论应是本次检测未获得可判读信号，而不是证明样本不含这三类DNA；样本量不足、降解或检测靶标不匹配都可能造成阴性结果。
结果怎么判断，哪些结论不能越界
| 检测表现 | 可作出的判断 | 下一步 |
|---|---|---|
| 一种物种的目标信号符合方案要求，其他物种未检出，且对照正常 | 支持样本含有该物种DNA | 需要更高把握时，增加独立标记或重复检测 |
| 两种或以上物种靶标阳性 | 可能是混合样本，也可能是污染或非特异扩增 | 检查空白对照，重新取样或用不同标记复核 |
| 所有目标均阴性，或对照不符合要求 | 不能据此确定样本物种；对照失败时整批结果无效 | 检查样本质量、提取过程和检测体系后重做 |
完成判定的标志是：阳性对照符合预期、空白对照没有目标信号，样本结果符合检测方案的判读标准；如进行了测序，关键位点还应支持相同物种结论。物种鉴定只能说明检测到的DNA更符合哪类生物来源，不能单独确认具体个人、犬只或猪个体，也不能仅凭一段序列推断品种。涉及法律、医疗或身份认定的样本，应交由具备相应资质的实验室按规范检测。