《公厕少年》以一座即将拆除的老公厕为故事中心，讲述高中生林野在生活失序之后，如何借着一段意外的相遇，重新面对家庭、友情与自己的选择。公厕靠近老客运站，白天人来人往，夜里却安静得只剩水管滴答声。它看起来只是街角不起眼的建筑，却成了几名少年暂时躲避外界的地方，也收纳了他们不敢当面说出口的话。
故事开端：林野躲进老客运站
十七岁的林野刚随母亲搬到江桥镇。父亲离家后，母子俩总在争吵，学校里又传着他打架的闲话。林野不愿回家，也不想在同学面前示弱，于是放学后常绕到老客运站，在公厕旁的长椅上消磨时间。他熟悉哪扇门关不严、哪盏灯总是闪烁，甚至记得清洁工老邱每天换水桶的时刻。久而久之，周围人给他起了“公厕少年”的外号。
林野起初把这个称呼当成嘲笑，后来索性懒得解释。一天傍晚，他在最里面的隔间发现了一张折叠的纸，上面没有名字，只有一句“明天还会有人来吗”。他以为是恶作剧，随手在纸背写下“会”，第二天却发现纸条被取走，原处多了一句回应。隔间门板上的涂鸦和纸片，渐渐成了陌生人之间不必露脸的通信方式。
意外相遇：沉默的阿禾出现
留下纸条的人叫阿禾，是一个比林野小两岁的少年。他经常背着旧书包来到公厕附近，却总避开人群。林野第一次看见他时，阿禾正蹲在洗手池边清理被雨水浸湿的练习册。两人没有立刻成为朋友：林野嫌他问东问西，阿禾也不喜欢林野把所有关心都说成挖苦。可他们都知道对方有难处，便默契地不追问那些尚未准备好回答的问题。
阿禾住在镇上的亲戚家，日子并不安稳。他害怕自己再惹麻烦就会被送走，因此把想说的话写在纸上，藏进隔间门后的缝隙。林野则发现，自己在纸条里比面对面时更坦率。他告诉阿禾，母亲总说搬家是为了重新开始，可家里的沉默并没有因此消失；阿禾写下自己想继续读书，却担心连眼前的生活都顾不好。两人的交流从几句短话，慢慢变成互相留意对方有没有按时出现。
秘密浮出：墙上的字不只属于他们
老邱告诉林野，这座公厕曾经是客运站最热闹的地方。有人在这里等过远行的亲人，有人丢过工作证，也有人在漫长的候车时间里写下心事。多年来，隔间门上不断出现新的字迹，有些被涂掉，有些则留下了很久。林野这才意识到，自己和阿禾并非第一个躲进这里的人；这座旧建筑像一只不说话的盒子，装着小镇里许多人短暂的失意与盼望。
就在两人关系逐渐亲近时，公厕贴出了拆除通知。客运站将改建，老邱也要离开，阿禾担心自己失去唯一能安静待着的地方，突然不再赴约。林野循着纸条上的记号找到他，才知道阿禾准备离开亲戚家，去邻镇投靠一位多年未见的姐姐。阿禾不是不信任林野，只是害怕承诺之后仍会被抛下。林野没有替他做决定，而是陪他把情况告诉可信任的大人，并一起寻找能够继续上学的办法。
故事结尾：告别旧地方，带走新的选择
拆除前的最后几天，林野和阿禾把隔间里的纸条一张张取下来，按日期收好。他们也找到老邱，请他讲出那些旧字迹背后的故事。有人等到了家人，有人没能等到想见的人，也有人只是写下“今天平安回家”。这些细碎的句子让林野明白，倾诉并不能立刻解决困境，却可以让一个人不再误以为只有自己被困住。
临别时，阿禾带走了装有纸条的旧信封，林野则回家与母亲谈起父亲离开后的生活。他第一次没有用沉默或发火结束对话，也没有要求母亲马上给出答案。旧公厕最终被围挡封住，林野仍会想起那里的昏黄灯光，却不再把它当成唯一的避难处。故事以两名少年各自迈出一步收尾：阿禾尝试在新的住处继续读书，林野开始面对家庭里的裂缝，而他们留下的纸条，成了那段相遇真实发生过的证明。
整段剧情借一座寻常公厕写少年人的孤独感。林野从把自己藏起来，到愿意开口求助；阿禾从只敢在纸上表达，到开始为生活作出选择。旧公厕并没有神奇地改变谁，它只是给了两个少年一处可以暂歇的角落。真正推动故事向前的，是他们在彼此面前逐渐建立的信任，以及重新走回日常生活的勇气。